La ESE ALEJANDRO PROSPERO REVEREND, dando cumplimiento al Decreto 2676 del 2000 y a la Resolución 1164 del 2002 y demás complementarios al Manejo de Desechos, ha implementado el Plan de Gestión Integral de Residuos Hospitalarios y Similares (PGIRHS) en todos los puntos donde presta servicios de baja y mediana complejidad, lo cual permite la segregación desde la fuente generadora hasta su disposición final. Para tal efecto, ha adoptado el código de colores que estableció el Ministerio de la Protección Social y el Ministerio de Medio Ambiente.

Para su disposición final tiene contratados los servicios de una empresa de ASEO e incineración de residuos finales.